GE_AKTA Pilot蛋白純化儀能夠快速完成純化生物分子蛋白質、核酸、肽等，完成從實驗室基礎研究到整個工藝方法快速開發及放大。蛋白純化儀可以進行生物大分子的范例純化，已知和未知蛋白質的純化，蛋白質的結構動力學藥物作用靶點研究，藥物蛋白的分離，蛋白質工程藥物的合成，蛋白質的定性，組織細胞中各種蛋白質在生物體中如何發展功能，基因表達產物的分離。
在各種條件下使用蛋白純化儀，不同的操作方法從細胞環境中提取蛋白質將會導致其活性的丟失和結構的改變。蛋白純化儀的操作包括稀釋，改變溶液條件，暴露于各種降解酶、氧氣、重金屬及各種材料的表面，以及生理條件的變化 (如凍融作用) 等。需要注意的是GE_AKTA Pilot蛋白純化儀的任何—個情況都有可能影響蛋白質穩定性，因此盡可能采取減少這些影響的預防措施，都將有助于確保一個純化草案的成功。
使用蛋白純化儀的過程中想要保持蛋白質的穩定，應避免可以使其變性的處理方法。因此，蛋白純化儀對蛋白質溶液一般不要劇烈攪拌或渦旋，因為這可能會導致蛋白質氧化或表面變性。蛋白純化儀不能將蛋白質溶液暴露于頂端的 pH、高溫、有機溶劑或任何其他可能促進變性的條件。同樣，如果在解凍的狀態下長時間儲存一種蛋白質溶液，細菌和真菌的生長將會成為一個問題。在這樣的情況下，無菌溶液和抗菌或抗真菌試劑可能是必要的。另外，建議使用蒸餾水配制將與蛋白質接觸的所有溶液，并且GE_AKTA Pilot蛋白純化儀要將蒸餾水儲存在無藻類生長的容器中。
